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    吳薇組合作開發首個DNA損傷修復測序數據資源庫

    文章來源:分子細胞科學卓越創新中心  |  發布時間:2023-10-23  |  【打印】 【關閉

      

      10月13日,國際學術期刊Nucleic Acids Research在線發表了中國科學院分子細胞科學卓越創新中心(生物化學與細胞生物學研究所)吳薇研究組與廣州國家實驗室的最新合作研究成果“DNA Damage Atlas: an atlas of DNA damage and repair”。這項研究整合開發了首個DNA損傷修復高通量測序數據的數據資源庫:DNA Damage Atlas (DDA)。 

      DNA損傷在細胞正常生命代謝活動中時有發生,發生損傷后如不能及時修復或修復時發生錯誤,極易形成體細胞突變和結構變異,引起腫瘤等重大疾病。為研究 DNA 損傷修復過程,研究人員開發了多項用于直接或間接檢測 DNA 損傷和修復過程的高通量測序技術。然而,隨著各種測序技術所產生數據的快速累積,如何將其進行統一的標準化分析并整合供研究者使用是一個亟需解決的問題。

      DDA收錄了共來自262個數據集的6030個樣本數據,涵蓋了針對不同DNA損傷類型的59種測序技術?;趯祿M行質控、回貼等標準化處理,DDA進一步對DNA損傷修復熱點(hotspots)進行鑒定,并對其特征展開一系列下游分析。高度重復序列端粒和核糖體DNA(ribosomal DNA, rDNA)是DNA損傷的熱點,但在之前的研究中,往往因其分析困難而在測序數據分析中被忽視。因此,DDA專門構建了新的分析流程對端粒和rDNA區域的損傷修復信號進行挖掘。此外,DDA為用戶提供了交互友好的界面(http://www.bioinformaticspa.com/DDA/),包括瀏覽、搜索、genome browser可視化、下載、樣品間比較等功能模塊。

      DDA作為一個大規模、高質量的 DNA 損傷修復數據庫,為DNA損傷修復分子機制的研究提供了一個強大的資源平臺,有助于理解疾病中突變發生機理和挖掘治療靶點。

      分子細胞卓越中心碩士研究生梁羽、袁青青為本文共同第一作者。分子細胞卓越中心吳薇研究員和廣州國家實驗室袁姣研究員為本文共同通訊作者。本研究得到了科技部國家重點研發計劃、上海市市級科技重大專項和廣州國家實驗室的經費資助。

      文章鏈接:https://doi.org/10.1093/nar/gkad845

    DDA構建流程和功能展示

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